Nascido em uma família tradicional de Pernambuco, formada pelo casamento entre Joaquim de Almeida, um descendente dos Mascates com uma Sá e Albuquerque, conforme assinala o historiador Evaldo Cabral de Melo no livro O nome e o sangue, Manuel Caetano de Almeida e Albuquerque estudou línguas, geometria e filosofia. Herdou do pai o ofício de escrivão do tesoureiro dos Defuntos e Ausentes, instituição ligada à Mesa da consciência e ordens. Pai de Antônio José Vitoriano Borges de Almeida, um dos líderes da Revolução de Pernambuco, também foi defensor das causas insurgentes, chegando a recitar poemas em homenagem à Revolução e à liberdade no dia 8 de março de 1817, além de jurar lealdade à Bandeira branca patriota no dia 2 de abril. Foi acusado pela Real Alçada e mantido em cativeiro na cadeia da Bahia. Em virtude da adesão da capitania da Bahia às resoluções da Revolução do Porto, foi posto em liberdade em 10 de fevereiro de 1821.