Fundado em 1º de fevereiro de 1765 no Rio de Janeiro, funcionava no antigo casarão da fazenda de São Cristóvão, que pertencia a Companhia de Jesus. Com a expulsão definitiva dos jesuítas do Brasil, o prédio passou para a administração da Irmandade da Candelária que já atendia aos hansenianos da região. Após reformas, instalou-se no imóvel o Hospital dos Lázaros ou Hospital Frei Antônio, destinado a prestar assistência aos doentes de lepra. Sua localização, em um ponto central do Rio de Janeiro, levantou sérias questões quanto aos diversos cuidados necessários para garantir o isolamento dos enfermos, a fim de evitar a disseminação da doença pela população. Já em São Paulo, o primeiro lazareto foi fundado em 1802 para abrigar os hansenianos com o objetivo de isolá-los e os afastar do convívio na cidade, pois a enfermidade era contagiosa e sem cura. Até a construção do lazareto, os portadores da doença, em razão do estigma a ela associado, perambulavam pelas estradas sem destino ou viviam em acampamentos distantes da cidade. A área escolhida para construção do hospital localizava-se em direção a uma das saídas da cidade, na região leste, denominada de Olaria, próximo ao Convento da Luz. O terreno foi comprado pelo governador Antonio José da Franca e Horta e entregue aos cuidados da Irmandade da Santa Casa de Misericórdia. A obra começou logo no ano seguinte, a partir do apoio governamental e de doações de particulares. Esse hospital funcionou durante todo o século XIX de forma extremamente precária, atendendo a um número muito reduzido de pacientes, isto devido principalmente à ausência de fundos regulares que permitissem custear os gastos necessários com a manutenção dos doentes. A administração cabia apenas à Santa Casa de Misericórdia, não recebendo nenhum auxílio da Câmara Municipal, nem da província de São Paulo. Em 1904, o Hospital dos Lázaros foi fechado e os doentes transportados para um novo estabelecimento construído em um local mais distante da cidade: Guapira.